Coronavirus : inconnues et inquiétudes autour du nouveau variant Omicron – Le Monde
Botswana, Hongkong, Afrique du Sud et maintenant Belgique : un nouveau variant du SARS-CoV-2, B.1.1.529, est en circulation. Il contraint déjà le Royaume-Uni, la France et les Pays-Bas à interdire les vols en provenance d’Afrique du Sud, pays ayant le plus de cas à ce jour.
Et ce malgré l’avertissement de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), martelé vendredi 26 novembre par la voix de Christian Lindmeier, porte-parole : « L’OMS recommande aux pays de continuer à appliquer une approche scientifique et fondée sur les risques (…). A ce stade, encore une fois, la mise en œuvre de mesures de restrictions aux voyages est déconseillée. » L’organisme, qui a néanmoins classé le virus comme « préoccupant » et l’a baptisé « Omicron », juge qu’il faudra « plusieurs semaines » avant de connaître les propriétés de transmissibilité et de virulence du nouveau variant.
L’inquiétude repose néanmoins sur plusieurs indices, rappelant l’arrivée funeste de prédécesseurs, comme Alpha ou Delta. Le premier concerne le profil génétique de B.1.1.529, le second, sa diffusion. Mais les deux aspects recèlent encore beaucoup d’inconnues, notamment concernant sa contagiosité ou ses capacités d’échappement.
Côté génétique, le jaillissement d’Omicron par rapport à l’ensemble des autres variants est comparable à la sortie d’une feuille d’un buisson, au bout d’une branche qui n’aurait pas fait de rameau et que personne n’aurait vu grandir. Le virus a muté à un rythme supérieur au tempo moyen de ses congénères, qui est d’environ deux mutations par mois. Le « saut » est du même ordre que celui effectué par son prédécesseur Alpha, qui, avec une dizaine de mutations d’un coup, avait surpris. Un an plus tard, c’est une trentaine de mutations qui apparaissent dans la partie principale du virus, la spicule, par laquelle il s’accroche à son hôte pour l’infecter ; et presque une vingtaine dans les autres régions du génome qui servent par exemple à fabriquer l’enveloppe protectrice du virus ou les machines nécessaires à sa réplication.
Des inconnues
Outre la quantité, c’est la liste de ces mutations qui interpelle le plus les spécialistes, déterminant les modifications, ajouts ou suppressions de « perles » (les acides aminés) sur le long collier que forment les protéines du virus, en changeant ses principales propriétés : sa capacité à infecter, sa propension à échapper aux anticorps et aux vaccins et, éventuellement, sa virulence.
Beaucoup sont bien connues. En position 484 et 501 du collier formant la spicule, comme chez Alpha, Beta ou Gamma – mais pas Delta –, des perles sont substituées et on leur impute des effets augmentant, respectivement, la capacité à échapper aux anticorps induits par l’infection ou la vaccination, et aussi la transmissibilité. En 681, on trouve une modification présente chez Alpha et Delta, favorisant l’infectiosité. En revanche, la perle 452, caractéristique de Delta, très contagieux, a disparu. Au total, neuf mutations ont déjà été vues sur les variants préoccupants.
Il vous reste 63.09% de cet article à lire. La suite est réservée aux abonnés.
