INFOGRAPHIE. Contagiosité, efficacité des vaccins, présence en France… Tout savoir sur les variants du Covid – franceinfo

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Ils se font désormais appeler Delta, Gamma ou encore Beta. Les variants du Sars-CoV-2, le virus responsable du Covid-19, ont été renommés fin mai par l’Organisation mondiale de la santé (OMS), en partie pour éviter de stigmatiser” les pays où ils ont été identifiés. Mais aussi pour donner aux variants des appellations plus “faciles à prononcer et à retenir”.

Difficile en effet de s’y retrouver parmi les nouvelles souches qui ne cessent d’émerger. Que sait-on par exemple du variant Alpha, identifié au Royaume-Uni et devenu majoritaire en France ? Quels sont les variants plus contagieux ? Les vaccins restent-ils efficaces face à ces mutations ? Pour y voir plus clair, franceinfo a rassemblé dans un tableau les informations connues à ce jour.

Tableau récapitulatif des connaissances sur les principaux variants du Sars-CoV-2, au 11 juin 2021.  (JESSICA KOMGUEN / FRANCEINFO)

Le variant Alpha détecté au Royaume-Uni

Le variant B.1.1.7, renommé Alpha par l’OMS, a été identifié pour la première fois au Royaume-Uni en septembre 2020, rapporte le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC). Ce lignage a été classé comme “variant préoccupant” par l’OMS et l’ECDC. Un statut qui implique une “surveillance et des mesures de gestion spécifiques”, explique Santé publique France.

A quel point est-il présent en France ? C’est le variant qui circule principalement en France. Il représentait 86% des prélèvements analysés lors de la neuvième enquête flash de Santé publique France menée le 11 mai sur 1 721 prélèvements issus de l’Hexagone et des Outre-mer. Le variant Alpha “est toujours largement majoritaire mais ne semble plus progresser”, selon la dernière analyse de risque liée aux variants émergents publiée le 2 juin par Santé publique France et le Centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires.

Est-il davantage contagieux ? Le variant Alpha est considéré comme “40% à 60%” plus contagieux que la souche D614G qui a circulé en Europe lors de la première vague, explique le virologue Bruno Lina, membre du Conseil scientifique. En cause notamment : la présence d’une mutation, N501Y, qui se situe au niveau de la protéine Spike du virus. Celle-ci augmente la capacité du virus à s’attacher aux cellules humaines.

Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? Les quatre vaccins disponibles en France (AstraZeneca, Janssen, Pfizer et Moderna) “restent actifs contre le variant [Alpha]“, assure la Haute Autorité de santé (HAS) dans une note datée du 15 avril (PDF).

Le variant 20I/484K repéré au Royaume-Uni

Le variant 20I/484K, identifié au Royaume-Uni en décembre 2020, est un dérivé d’Alpha. Mais contrairement à son cousin, il est également porteur d’une mutation au niveau du 484e acide aminé de la protéine Spike, un “endroit cible pour le développement d’anticorps neutralisants”, explique Bruno Lina. Ce variant est classé comme “préoccupant” par l’ECDC, mais pas par l’OMS.

A quel point est-il présent en France ? Il représentait 2,3% des prélèvements analysés lors de l’enquête flash de Santé publique France. Plusieurs cas de ce variant, peu détecté en France jusqu’à la mi-mars, ont été rapportés début avril en Bretagne, dans les Hauts-de-France et en Ile-de-France. 

Est-il davantage contagieux ? “Il existe encore peu de données de terrain” concernant la transmissibilité de ce variant, commente pour franceinfo Mylène Ogliastro, virologue à l’Inrae et vice-présidente de la Société française de virologie. Ses “caractéristiques sont probablement proches de celles du variant [Alpha] dont il est issu”, avancent prudemment Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires.

Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? La mutation 484K est susceptible d’engendrer “une diminution d’efficacité” de la réponse immunitaire conférée par une vaccination ou par une contamination antérieure, détaillent les deux organismes. De récentes données in vitro, publiées le 12 mai dans le New England Journal of Medicine (en anglais), n’ont pas montré “d’impact significatif de ce variant sur la réponse neutralisante avec le vaccin de Pfizer”, tempère toutefois la dernière analyse de risque, mais “les données épidémiologiques manquent encore sur l’impact en population de ce variant”.

Le variant Beta identifié en Afrique du Sud

Le variant B.1.351, renommé Beta par l’OMS, a été identifié pour la première fois en Afrique du Sud en mai 2020, selon l’ECDC. Ce lignage a été classé comme “variant préoccupant” par l’OMS et l’ECDC.

A quel point est-il présent en France ? Le variant Beta représentait 8,2% des prélèvements analysés lors de l’enquête de Santé publique France de suivi des variants. Au sein de l’Hexagone, sa prévalence reste “très inférieure” par rapport au variant Alpha, écrivent Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires. A La Réunion, ce variant est toutefois majoritaire, précisent les deux organismes.

Est-il davantage contagieux ? Le variant Beta n’est “pas tellement” plus contagieux que la souche D614G, explique auprès de franceinfo Samira Fafi-Kremer, cheffe de service du laboratoire de virologie des hôpitaux universitaires de Strasbourg. “On estime qu’il a un taux de transmissibilité 35 à 40% plus élevé”, complète Bruno Lina.

Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? Egalement porteur de la mutation 484K, c’est le variant qui présente le risque le plus important d’“abaissement de la protection vaccinale”, analyse le virologue. D’après la Haute Autorité de santé, il “apparaît” que le vaccin d’AstraZeneca “n’induit pas de réponse protectrice suffisante” contre ce variant. Dans les territoires où le variant Beta est “significativement présent”, comme en Moselle et dans plusieurs départements d’Outre-mer, la HAS préconise donc de privilégier les vaccins de Moderna, Pfizer-BioNTech ou Janssen.

Le variant Gamma repéré au Brésil

Le variant P.1, nommé Gamma par l’OMS, a été identifié pour la première fois au Brésil en novembre 2020, selon l’ECDC. Ce lignage a été classé comme “variant préoccupant” par l’OMS et l’ECDC.

A quel point est-il présent en France ? En mai 2021, seuls 0,4% des prélèvements analysés comportait ce variant. La situation est toutefois différente en Guyane, où le lignage P.1 est “très majoritaire”rapporte Santé publique France.

Est-il davantage contagieux ? Le variant Gamma présente lui-aussi la mutation N501Y qui lui confère un degré de transmission potentiellement accru. Toutefois, son taux de contagiosité est un “peu moins élevé” que le variant Alpha, tempère le Conseil scientifique dans un avis du 16 avril (PDF). Bruno Lina précise que son niveau de transmissibilité probable se situe à un niveau proche du variant Beta. 

Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? Face à ce variant porteur de la mutation 484K, l’efficacité des vaccins “paraît conservée mais diminuée”, expliquait le Conseil scientifique dans son avis du 16 avril. 

Le variant Delta identifié en Inde 

Le B.1.617.2 est l’une des trois sous-lignées du variant B.1.617. Baptisée Delta, elle a été repérée pour la première fois en Inde en décembre 2020, précise l’ECDC, et est considérée comme “variant préoccupant” par l’ECDC et l’OMS.

A quel point est-il présent en France ? Il est très minoritaire en France et ne représentait que 0,2% des séquences analysées au cours de l’enquête flash de Santé publique France. Il a récemment été détecté au sein de clusters dans les Landes, mais sa présence n’est pour l’heure “pas particulièrement inquiétante”, a déclaré lundi 7 juin la préfète du département.

Est-il davantage contagieux ? “Les premières données disponibles semblent suggérer que le variant Delta est plus contagieux que le variant Alpha”, explique la virologue Samira Fafi-Kremer. Des données épidémiologiques britanniques publiées le 12 mai (PDF en anglais) suggèrent en effet une possible transmissibilité accrue de 50% par rapport au variant identifié au Royaume-Uni. Les autorités sanitaires britanniques ont même évoqué, vendredi 11 juin, une contagiosité potentiellement 60% plus importante.

Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? D’autres données britanniques, publiées le 22 mai et qui n’ont pas encore été soumises à relecture, suggèrent une protection de l’ordre de 88% contre les formes symptomatiques issues de ce variant après deux injections du vaccin de Pfizer-BioNTech et de 60% pour le vaccin d’AstraZeneca. L’efficacité du vaccin de Moderna n’a toutefois pas pu être mesurée dans cette étude, celui-ci n’étant administré que depuis avril au Royaume-Uni.

Le variant Kappa détecté en Inde

Kappa est une autre sous-lignée du variant B.1.617, identifiée en décembre 2020 en Inde. Début juin, l’OMS a rétrogradé ce lignage en “variant à suivre” car les données existantes sont “insuffisantes pour bien le caractériser et évaluer son impact”, explique Santé publique France dans son point épidémiologique du 3 juin.

A quel point est-il présent en France ? Le lignage B.1.617.1 n’a pas été détecté lors de la dernière enquête de suivi des variants. Mais il a cependant été identifié “sporadiquement” depuis février, selon la dernière analyse de risque liée aux variants.

Est-il davantage contagieux ? Il n’existe pas encore de “données robustes” concernant la transmissibilité de ce variant, explique Bruno Lina. Aucun impact significatif sur la santé publique n’a pour l’heure été démontré, complètent Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires.

Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? Là encore, les connaissances sont partielles. Des données préliminaires in vitro (en anglais), qui n’ont pas encore été relues par des pairs, suggèrent “une susceptibilité légèrement réduite” aux anticorps induits par le vaccin de Pfizer-BioNTech, expliquent les deux organismes.

Le variant B.1.616 repéré en Bretagne

Le variant B.1.616 a été identifié à Lannion (Côtes-d’Armor) en février 2021, selon l’ECDC, qui a classé ce lignage comme “variant à suivre”.

A quel point est-il présent en France ? Seuls quelques clusters hospitaliers ont été rapportés dans les Côtes-d’Armor en début d’année. “Ces situations semblent désormais contenues, le dernier cas confirmé de B.1.616 ayant été diagnostiqué à la fin du mois d’avril”, ajoute la dernière analyse de risque liée aux variants.

Est-il davantage contagieux ? Il existe “beaucoup d’hypothèses et peu de certitudes” concernant ce variant, résume Bruno Lina. L’inquiétude autour du lignage B.1.616 réside principalement dans la difficulté à le repérer lors des tests de dépistage, en raison de sa faible présence dans les voies aériennes supérieures, ajoute le virologue.

Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? Les données disponibles à ce stade, issues des analyses du CNR des virus des infections respiratoires, ne montrent pas d’échappement immunitaire (post-infection ou post-vaccinal) significatif de ce variant.

Le variant Eta, identifié au Nigeria et au Royaume-Uni

Le lignage B.1.525, renommé Eta par l’OMS, a été identifié au Nigeria en décembre 2020, selon l’ECDC. Des cas de ce “variant à suivre” ont également été détectés à la même période au Royaume-Uni, précisent Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires.

A quel point est-il présent en France ? D’après la dernière enquête de suivi des variants, 1% des prélèvements analysés comportait une trace du variant Eta. Des cas ont été repérés dans les 13 régions de l’Hexagone ainsi que dans plusieurs territoires d’Outre-mer, selon la dernière analyse de risque liée au variant. 

Est-il davantage contagieux ? Aucun impact significatif sur la santé publique n’a été démontré à ce jour, poursuit l’analyse de risque. 

Les vaccins sont-ils efficaces contre lui ? Ce variant comporte la mutation 484K susceptible de diminuer la réponse immunitaire induite par la vaccination. Toutefois, “tous les variants apparus jusqu’à présent répondent aux vaccins disponibles”, a rappelé le 20 mai le directeur de l’OMS Europe, Hans Kluge. Même avec un niveau de protection parfois moindre, “il n’y a aujourd’hui aucun vaccin qui soit pris en défaut de façon significative vis-à-vis de l’ensemble des [variants] qui circulent”, rassure aussi Bruno Lina. Un constat partagé par Mylène Ogliastro qui insiste sur l’importance de la campagne vaccinale : “Si on laisse circuler le virus, la probabilité de voir de nouveaux variants apparaître augmente.”

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