Est-il vrai que le variant omicron représente déjà plus de 20% des infections à Paris ? – Libération

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Question posée par «Brout» le 18 décembre 2021.

Bonjour,

Vendredi soir, le Premier ministre Jean Castex a alerté sur une vitesse de propagation «fulgurante» chez nos voisins européens du variant omicron (en particulier aux Pays-Bas et au Royaume-Uni, où plus de 10 000 nouveaux cas liés au nouveau variant ont été reportés samedi), et estimé qu’il «va se diffuser très rapidement au point de devenir dominant dès le début de l’année 2022» en France. Etat des lieux réitéré samedi par le ministre de la Santé, Olivier Véran, invité de la matinale de France Inter : «Si c’est 10% des cas de variant omicron aujourd’hui dans notre pays, ça veut dire que la semaine prochaine c’est 25 ou 30%, et ça veut dire que dans quinze jours il est majoritaire.»

Dans ce contexte, vous nous interrogez sur les derniers résultats du criblage des tests PCR positifs. En effet, ceux-ci attesteraient d’une progression accrue d’omicron dans la région Ile-de-France, et même encore plus forte au niveau de Paris, par rapport au reste du pays.

Détection d’omicron par absence d’une mutation caractéristique de delta

En vue de surveiller la circulation sur notre territoire des variants du SARS-CoV-2, virus responsable de la maladie du Covid-19, une partie des tests RT-PCR revenus positifs font l’objet, en laboratoires, de tests complémentaires de criblage. Cette démarche permet de détecter, dans le génome du virus, la présence des principales mutations d’intérêt (actuellement E484K, E484Q et L452R). Or, comme nous l’expliquions dans un récent article, omicron ne porte aucune des mutations recherchées, et donc le criblage ne permet pas à lui seul de détecter la présence du variant. En revanche, lorsqu’un test de criblage revient négatif aux trois mutations, la Direction générale de la santé (DGS) indique qu’il faut le considérer comme un «cas possible» de variant omicron.

Ainsi, en sachant qu’une très large majorité des cas de Covid-19 sont actuellement causés par le variant delta, porteur de la mutation L452R, on peut estimer que la proportion des tests de criblage attestant d’une absence de cette mutation fournit une indication de la présence d’omicron en France. Les dernières données de Santé publique France, lissées sur une semaine, suggèrent que le variant omicron progresse très rapidement en Ile-de-France. Dans cette région, il représenterait 19,3% des tests positifs sur la période du 10 au 16 décembre, la mutation L452R étant à l’inverse présente dans 80,7% des criblages. Soit une multiplication par huit par rapport à la période précédente, du 2 au 8 décembre, où cette mutation n’était absente que de 2,4% des tests.

A Paris, la progression d’omicron apparaît encore plus fulgurante. De fait, dans les données lissées pour la période du 10 au 16 décembre, la mutation L452R est absente de plus d’un quart des tests de criblage (27,2% précisément). Inversement, elle est donc présente à 72,8%. Sur la période du 2 au 8 décembre, sa présence s’élevait pourtant à 97%. Ces données remontant à jeudi et portant sur la semaine écoulée, la part d’omicron dans les nouveaux cas quotidiens en fin de semaine est, selon toute probabilité, encore bien supérieure.

Dans le reste du pays (France métropolitaine et Outre-Mer), la circulation du variant omicron augmente également, tout en restant à un niveau plus faible, même certains départements comme la Nièvre (20%), le Puy-de-Dôme (21,3%), la Seine et Marne (23,4%) ou la Sarthe (25,6%) affichent des pourcentages également élevés. Au niveau national (en incluant, donc, les chiffres de Paris et de la région francilienne), les dernières données font état d’une absence de la mutation L452R à hauteur de 6,8%, toujours pour la période du 10 au 16 décembre.

Rappelons ici qu’un phénomène similaire s’était produit avec le variant delta, devenu majoritaire en premier lieu dans la capitale puis dans la région Ile-de-France, quelques jours avant de s’imposer sur le reste du territoire, à la fin du mois de juin. Sans que l’on sache très bien pourquoi, si ce n’est que la forte concentration de population et la fréquence des déplacements sur le territoire francilien jouent sûrement un rôle dans la propagation des variants. S’agissant d’omicron, l’une des hypothèses avancées par le médecin-épidémiologiste à l’Inserm Eric d’Ortenzio repose sur l’effet des «liaisons avec l’Afrique australe», du fait de «voyageurs qui arrivent dans les aéroports d’Ile-de-France».

Evolution de la stratégie de criblage

Avant de tirer des conclusions à partir des données de Santé publique France, quelques éléments appellent à la prudence. D’abord, il faut souligner que de moins en moins de tests positifs font l’objet d’un criblage. La proportion de tests positifs au SARS-CoV-2 criblés, qui s’élevait auparavant à plus de la moitié des tests, a chuté dans le courant du mois de décembre et se situe aujourd’hui à un quart des échantillons (24% exactement pour la journée de mercredi). Les données dont on dispose portent donc sur une partie seulement des tests, et les antigéniques sont exclus du criblage. Néanmoins, Santé publique France semble estimer que du fait de leur nombre – plus de 100 000 chaque semaine –, les criblages effectués suffisent à refléter les tendances dans la circulation des variants d’intérêt.

Par ailleurs, la non-détection de la mutation L452R ne suffit pas à déduire de façon sûr et certaine que les tests concernés correspondent à des cas du variant omicron. Néanmoins, ces résultats de criblage «sont à prendre comme une orientation», explique le président de la cellule «Covid-19» de l’Académie nationale de médecine, Yves Buisson. De même, Eric d’Ortenzio évoque une «très forte suspicion». Certes, détaille-t-il, «d’autres variants n’ont pas cette mutation, comme celui qui avait été repéré au Congo» (le B.1.640). Mais pour autant, «si ces souches ne répondent pas au test de criblage pour le delta, il y a de très fortes chances qu’il s’agisse bien du variant omicron, au vu du contexte, de ce qui se passe en Europe, à Londres, ou en Ecosse où l’omicron est déjà prédominant».

Cinquième vague

Enfin, il se pourrait aussi que la détection en Ile-de-France de clusters impliquant le nouveau variant – dont six ont été identifiés au sein de l’AP-HP, comme le révélait Libération vendredi – conduise à un criblage plus systématique des tests positifs. «Il existe peut-être une sorte de biais épidémiologique, du fait qu’on concentre plus la surveillance d’omicron sur l’Ile-de-France, analyse Yves Buisson. Encore que, la règle instaurée pour la surveillance des variants, c’est de prendre une proportion représentative des individus sur l’ensemble du territoire.» Pour sa part, l’épidémiologiste Eric d’Ortenzio, également membre de l’agence ANRS-Maladies infectieuses émergentes, estime que «les clusters peuvent gonfler un peu les chiffres, mais pas de manière conséquente». En tout état de cause, conclut-il, les chiffres de Santé publique France «reflètent probablement la réalité», même si «ce sera l’affaire de quelques jours pour le confirmer».

Jusque-là, la détection du variant omicron reposait sur ce criblage imparfait, donc. S’ensuivaient des opérations de séquençage, avec elles-mêmes des résultats limités puisque ne reflétant pas la réelle circulation du virus en France (pour la journée de vendredi, Santé publique France faisait état de seulement 347 cas de variant omicron détectés). Mais la stratégie suivie pour traquer omicron va très vite évoluer : dès lundi, les tests de criblage viseront également à rechercher des mutations que porte spécifiquement ce variant, «afin de gagner en réactivité et en pertinence», comme l’écrit la DGS dans son «Urgent» publié en fin de semaine et intitulé «actualisation de la doctrine de criblage». Lequel document ajoute que cette doctrine «fera l’objet d’une réévaluation au 20 janvier», «afin de tenir compte des données complémentaires sur omicron et de la pertinence de rechercher d’autres mutations qui n’auraient pas été identifiées à date».

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p class=”article_link”>Mise à jour : le 19 décembre à 18h40, les dernières données (portant sur la semaine du 10 au 16 décembre) ont été ajoutées.

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