Covid-19 : pour mieux traquer les variants, la France modifie sa stratégie de surveillance – Le Monde

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Une technicienne de laboratoire travaille sur le génome du SARS-CoV-2 et ses variants à l’institut Pasteur, le 21 janvier 2021.

Si les nouvelles sont bonnes sur le front de l’épidémie de Covid-19, toujours en régression, et sur celui de la vaccination, avec le seuil des 30 millions de premières injections franchi ce week-end en France, le nouveau variant B.1.617.2, baptisé Delta par l’Organisation mondiale de la santé (OMS), vient troubler la sortie de crise. « On n’est pas sauvé, le risque est toujours là », a déclaré Daniel Lévy-Bruhl, responsable de l’unité infections respiratoires de l’agence de sécurité sanitaire Santé publique France (SpF), vendredi 11 juin, décrivant une « situation instable » en France.

Le variant Delta est plus contagieux que son prédécesseur – le variant Alpha –, d’environ 60 %, selon les Britanniques, mais surtout responsable d’une remontée des infections au Royaume-Uni, qui ont triplé en trois semaines, atteignant près de 8 000 cas vendredi 11 juin. Il est aussi déjà présent en France et chez nos voisins frontaliers, Espagne, Allemagne, Belgique… Et il est sans doute responsable d’une légère remontée des cas au Portugal.

Lire aussi Covid-19 dans le monde : le variant Delta est 60 % plus contagieux que son prédécesseur, selon les autorités sanitaires britanniques

Pour mieux y faire face, SpF a décidé d’accélérer la mise en œuvre d’une nouvelle stratégie de surveillance des variants, l’un des points faibles du dispositif français.

A partir du lundi 14 juin, exit, dans les résultats des tests, la référence aux variants « anglais », « sud-africain », ou, respectivement, B.1.1.7, B.1.351, ou encore Alpha, Beta. Place aux trois mutations, E484K, E484Q, L452R. Ces « immatriculations » correspondent à la position des acides aminés, les molécules qui constituent les protéines, au sein de la porte d’entrée du virus chez l’hôte, le spicule. Les lettres font référence au nom de l’acide aminé modifié. Désormais, on saura si un virus est porteur de l’une de ses trois mutations, par un test dit de criblage, qui est un second test PCR, pratiqué si le premier est positif. Ce criblage existait déjà, mais les réactifs chimiques sur lequel il reposait, appelés kits, servaient à repérer un variant plutôt qu’une mutation.

Accélérer la surveillance génomique de l’épidémie

Cette modification apporte plusieurs avantages. D’abord, elle corrige l’un des défauts du criblage antérieur, qui ne pouvait faire face à l’afflux de variants, trop nombreux pour pouvoir être saisis, avec cinq variants « préoccupants », et une dizaine « à suivre » ou en cours d’évaluation. D’ailleurs, la méthode pratiquée jusqu’alors ne différentiait pas un Beta d’un Gamma (dit « brésilien »). Pire, dans le contexte actuel de l’émergence du variant Delta, la technique classait celui-ci dans « absence de variant », comme si c’était la souche chinoise d’origine du Covid-19. Au dernier pointage de SpF, pour la première semaine de juin, 19 % des cas positifs n’étaient ni Alpha, Beta ou Gamma.

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