Covid-19 : le variant Delta circule-t-il dans votre département? – Le Parisien

Il risque d’animer notre été, mais où circule-t-il le plus ? Le variant Delta, qui entraîne une reprise de l’épidémie chez nos voisins britanniques, est déjà bien installé en France. Il représente « environ 20 % » des nouveaux cas, a indiqué Olivier Véran mardi sur France Info. Et il pourrait devenir largement majoritaire en France d’ici la fin de l’été, estiment de nombreux épidémiologistes.

En réalité, ce taux ne correspond pas au variant Delta à proprement parler. Il s’agit du pourcentage de tests positifs criblés pour lesquels la mutation L452R a été trouvée. D’autres variants arborent cette mutation mais « ils sont très peu détectés », indiquait fin mai Sibylle Bernard-Stoecklin, de la direction des maladies infectieuses de Santé publique France. « Quand on regarde l’ensemble des séquences porteuses de la mutation L452R en juin en France, le variant Delta en représentait 82%. C’est donc la très grande majorité », nous précise-t-elle ce vendredi matin, lors d’un point presse.

Le criblage est l’un des deux moyens permettant de suivre la circulation des variants, l’autre étant le séquençage. Jusqu’à la mi-juin, seules des « suspicions de variants » apparaissaient sur la base d’une ou de plusieurs mutations recensés. Depuis cette date, on ne parle plus de « suspicion de variant » mais de trois mutations désormais systématiquement ciblées : E484K, E484Q et L452R. La part de tests positifs arborant la mutation L452R permet de s’approcher de celle de variant Delta, à défaut d’être très précise.

Les Landes logiquement les plus touchées

Jeudi soir, Santé publique a publié, pour la première fois, ces indicateurs à l’échelle départementale. Nous avons mis de côté les départements où moins de 30 tests positifs ont été criblés, les pourcentages de chaque mutation étant alors impossibles à interpréter. Sans surprise, le territoire le plus touché est les Landes (où la dernière étape des réouvertures a été reportée), avec plus de 80 % de tests criblés arborant la mutation L452R. Suivent la Somme, le Loir-et-Cher, et la Savoie (liste complète en fin d’article). Au niveau national, cette proportion s’élève à 25,8 %.

Dans d’autres départements, notamment en Île-de-France, c’est la mutation E484K qui est la plus souvent recensée. Celle-ci est notamment portée par les variants Beta (dit « sud-africain ») et Gamma (dit « brésilien »), qui ont comme particularité d’affaiblir l’efficacité de la vaccination. Les premières données en vie réelle, communiquées par Santé publique France jeudi soir, le confirment : si une vaccination complète semble efficace à 84,2 % contre les formes symptomatiques chez les 50 ans et plus, ce taux n’est que de 66,9 % contre les variants Beta et Gamma.

Au niveau national, la part de tests positifs criblés pour lesquelles E484K a été détectée augmente aussi, mais dans des proportions bien moindres que L452R (de 17 à 23 % en trois semaines).

La liste complète des départements selon le pourcentage de tests criblés avec la mutation L452R :

• Landes : 81,4%
• Somme : 77,7%
• Loir-et-Cher : 76,9%
• Haute-Savoie : 65%
• Jura : 61,2%
• Alpes-Maritimes : 57%
• Hauts-de-Seine : 49,6%
• Calvados : 47%
• Isère : 46,2%
• Bas-Rhin : 45,7%
• Moselle : 42,9%
• Drôme : 42,4%
• Paris : 38,7%
• Var : 38,6%
• Charente-Maritime : 38,2%
• Doubs : 37,5%
• Vaucluse : 36,4%
• Indre-et-Loire : 36,4%
• Savoie : 35,5%
• Loire-Atlantique : 34,3%
• Ille-et-Vilaine : 31,7%
• Seine-Saint-Denis : 31,7%
• Seine-et-Marne : 31,2%
• Gironde : 31%
• Ain : 30,9%
• Deux-Sèvres : 30,4%
• Bouches-du-Rhône : 29,4%
• Côte-d’Or : 27,7%
• Val-de-Marne : 25,6%
• Vienne : 25%
• Pas-de-Calais : 24,8%
• Rhône : 23,9%
• Val-d’Oise : 23,5%
• Puy-de-Dôme : 23%
• Côtes-d’Armor : 22,6%
• Aisne : 22,5%
• Yvelines : 20,8%
• Meurthe-et-Moselle : 20,5%
• Tarn : 18,9%
• Mayenne : 18,4%
• Hérault : 18,4%
• Essonne : 17,6%
• Nord : 17,4%
• Oise : 17%
• Seine-Maritime : 16,7%
• Pyrénées-Atlantiques : 16,7%
• Maine-et-Loire : 15,8%
• Morbihan : 15,6%
• Haute-Garonne : 14,3%
• Finistère : 12,9%
• Sarthe : 12,5%
• Haut-Rhin : 12,4%
• Loire : 12,2%
• Pyrénées-Orientales : 12%
• Manche : 11,9%
• Loiret : 11,2%
• Gard : 11,1%
• Vendée : 10,3%
• Eure : 9,8%
• Saône-et-Loire : 9,4%
• Marne : 8,2%
• La Réunion : 2%
• Guyane : 0,4%
• Martinique : 0%