Comment l’open source fait face à la crise du COVID-19

Comment l’open source fait face à la crise du COVID-19

Dans les cercles Linux et open source, on aime à dire qu’on a changé le monde. Et c’est vrai. Mais aujourd’hui, un nouveau défi se présente à nous : le Covid-19. Voici donc quelques projets open source qui visent à s’attaquer au coronavirus.

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CHIME : le modèle d’impact hospitalier du Covid-19

Lors des épidémies, l’un des plus grosses difficultés est de savoir comment planifier et gérer le grand nombre de patients que les hôpitaux reçoivent. Ce projet de l’équipe Predictive Healthcare de Penn Medicine est un outil qui exploite la modélisation SIR, un modèle épidémiologique, pour calculer le nombre théorique de personnes infectées par une maladie contagieuse dans une population fermée au fil du temps. Il peut aider les hôpitaux à mieux planifier leur capacité.

CHIME, récemment passé en open source, permet aux hôpitaux d’entrer des informations sur leur établissement et leur population, puis de modifier les hypothèses concernant la propagation et le comportement du coronavirus. Une fois ces informations entrées, les administrateurs hospitaliers peuvent exécuter le modèle SIR standard pour projeter le nombre de nouvelles admissions à l’hôpital chaque jour, ainsi que le recensement quotidien des hôpitaux. Ils peuvent également créer les meilleurs et les pires scénarios pour les aider dans leurs prévisions.

Le facteur le plus important dans ce modèle est le temps de doublement. Cela définit la vitesse de propagation d’une maladie. Les expériences dans d’autres contextes géographiques suggèrent que le temps de doublement peut aller de 3 à 13 jours ou plus. Il est possible d’entrer sa propre estimation du temps de doublement dans une version en ligne de CHIME, et de voir ce qui se passe.

Les Etats-Unis, selon Our World in Data, ont un taux de doublement de quatre jours. Cela n’augure rien de bon pour l’avenir. Le Dr Liz Specht a estimé que, même avec un taux de doublement à six, « tous les lits d’hôpitaux aux Etats-Unis seront remplis vers le 10 mai. » Mais au moins, avec Chime, il est possible de prévoir et ainsi de faire le maximum pour pouvoir faire face à ce tsunami de cas.

Pfizer ouvre son code

Pfizer, l’un des géants de l’industrie pharmaceutique, historiquement aussi ouverts à l’open source – tout comme ses concurrents – que l’était Steve Ballmer lorsqu’il était PDG de Microsoft, appelle désormais toutes les sociétés pharmaceutiques, par la voix de son PDG Albert Bourla, à unir leurs forces pour lutter contre la pandémie.

« Alors qu’on a très peu de connaissances sur ce virus, beaucoup travaillent à développer des tests cellulaires, un dépistage viral, des tests sérologiques et des modèles de traduction pour tester les thérapies et vaccins potentiels. Pfizer s’engage à rendre les outils que nous développons disponibles sur une plateforme open source, afin qu’ils bénéficient à la communauté scientifique élargie et à partager en temps réel les données et les apprentissages acquis avec d’autres sociétés pour faire progresser rapidement les thérapies et les vaccins pour les patients. »

Pour le moment, il n’y a pas d’autres détails sur cette proposition. Mais le simple fait que Pfizer ouvre son code est déjà significatif.

Les fournitures médicales open source sur Facebook

Non, Facebook ne fait rien directement avec les logiciels open source et le virus. Il s’agit d’un groupe Facebook consacré à la création d’un ventilateur open source, et il a élargi sa portée à d’autres fournitures médicales. Les respirateurs sont essentiels pour prendre soin des personnes qui ont du mal à respirer dans les cas graves de Covid-19. Les Etats-Unis ont environ 100 000 respirateurs, et il y aura certainement besoin de beaucoup plus.

D’autres groupes, comme EndCoronavirus, travaillent également sur la conception de respirateurs open source. Les respirateurs peuvent sembler simples. Mais ils ne le sont pas. Pourtant, le besoin est grand et, espérons-le, quelque chose peut être fait à temps pour créer un respirateur vraiment utile. Si ce n’est pas le cas, les efforts pour développer d’autres aides médicales ne seront pas vains.

Nextstrain

Il s’agit d’un programme open source pour le suivi en temps réel de l’évolution des agents pathogènes tels que le Covid-19. Il est utilisé pour déterminer les antécédents familiaux d’une maladie, ce qui, à son tour, peut nous donner une idée de la façon dont elle se comportera demain. Auparavant, ce programme avait été utilisé sur Ebola. Maintenant, armé des données génétiques sur les coronavirus de la Global Initiative on Sharing All Influenza Data (Gisaid), le projet suit le Covid-19.

Selon un article de Wired, les chercheurs utilisant ce logiciel ont pu établir que le virus s’était propagé autour de Seattle dès le 20 janvier. A ce moment-là, on pensait encore qu’il fallait un contact direct avec une victime de Wuhan pour être infecté.

Seul le temps nous dira à quel point ces projets s’avéreront utiles. Cela dit, certains d’entre eux pourraient s’avérer essentiels dans les semaines et les mois à venir pour faire face à la pandémie.

Source : ZDNet.com

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