Cas de Covid surestimés : la fin d’un écart qui durait depuis plusieurs mois – Le Parisien

Semaine après semaine depuis le mois de décembre, l’écart entre les deux courbes s’est creusé. Le taux d’incidence, soit le nombre de cas de Covid-19 pour 100 000 habitants, est l’un des indicateurs de l’épidémie les plus suivis. Mais il est aujourd’hui surestimé de 12 % par rapport à la réalité, comme Le Parisien l’avait révélé mi-mars. Santé publique France a mis au point une méthode permettant de résoudre le problème et la mise à jour rétroactive interviendra ce jeudi soir.

Cet écart trouve son origine dans des doublons, c’est-à-dire qu’un même test positif a pu être enregistré à deux reprises dans la base SI-DEP. La raison ? Depuis le début de l’année, de plus en plus de tests sont « criblés » dans le but d’identifier tel ou tel variant. Plusieurs professionnels de santé différents (pharmaciens, personnels de laboratoire, médecins, etc.) ont été amenés à saisir des informations dans SI-DEP.

Les données utilisées par Santé publique France étant « pseudonymisées » pour chaque identité, il a suffi qu’un accent soit mal placé, que l’initiale d’un nom soit en minuscule, ou qu’un espace soit en trop pour qu’un deuxième pseudo correspondant pourtant à une même personne soit généré.

Le taux de positivité lui aussi impacté

L’agence sanitaire a réalisé l’ampleur du problème en découvrant un écart grandissant avec les données des Autorités régionales de santé (ARS), qui travaillent sur des informations nominatives. N’ayant pas accès à celles-ci, impossible pour elle de corriger aisément ces doublons.

La méthode mise au point a été radicale, puisque tous les accents, caractères non alphabétiques et espaces ont été supprimés. Seuls le nom de naissance, le premier prénom, la date de naissance et le sexe seront désormais utilisés. En comparant ces données corrigées – une fois le nouvel algorithme de pseudonymisation passé – avec celles des ARS, Santé publique France s’est rendu compte que les deux courbes étaient redevenues quasiment identiques.

Le taux d’incidence en France affiché jusqu’à mercredi va donc être abaissé de 12 %. L’ensemble des données depuis le mois de décembre va aussi être corrigé rétroactivement. La surestimation a atteint « jusqu’à 17 % début mars », d’après un document interne. Elle varie actuellement beaucoup selon les départements, jusqu’à près de 20 % dans certains d’entre eux.

Le taux de positivité est lui aussi impacté, à hauteur de 8 %. Là aussi, un pic à 12 % de surestimation avait été atteint mi-mars. Au total, environ 335 000 cas confirmés ont été enregistrés en trop depuis le mois de décembre. Ils seront logiquement retirés du nombre total de 5,9 millions de personnes testées positives.

Pourquoi ne corriger ce « bug » que maintenant, alors que le problème a été identifié il y a plusieurs mois ? Y a-t-il eu volonté de ne pas perturber le suivi des indicateurs alors qu’on était en pleine « troisième vague » en mars et en avril, et que la situation s’est déjà nettement améliorée aujourd’hui ? Santé publique France se défend de toute motivation politique et assure avoir simplement eu besoin de temps pour vérifier que le nouveau processus fonctionnait correctement. De nombreux acteurs participent à la chaîne de remontée des données virologiques, à commencer par les ARS, mais aussi l’Assistance publique – Hôpitaux de Paris et la Direction de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques (Drees).

« Pas d’impact sur le suivi de la dynamique de l’épidémie »

« Cette problématique n’a pas eu d’impact sur le suivi de la dynamique de l’épidémie » et « les décideurs disposent d’un ensemble d’indicateurs dont ceux essentiels sur l’impact (du Covid-19) sur le système hospitalier », insiste Santé publique France dans une note interne que nous nous sommes procurée. Il est vrai que les tendances des deux courbes du taux d’incidence sont parfaitement identiques.

Reste que certains élus auront peut-être la curiosité d’aller regarder quel était le nombre réel dans leur département lorsque le gouvernement y a imposé de nouvelles restrictions, en les justifiant notamment par ces données élevées. « Si des mesures ont été prises, c’est parce que l’épidémie était à un niveau très important. 10 ou 15 % en trop, cela ne représente pas grand-chose au final », défend une source gouvernementale.